運動現場書系（Scenes）
- 01《魯蛇之春：學運青年戰鬥手冊》
- 02《壓不扁的玫瑰：一位母親的318運動事件簿》
- 03《叛民城市：臺北暗黑旅誌》
- 04《叛道：改變國家的基進力量》（已絕版）
- 05《空港粉碎︰日本農民的怒吼與成田機場悲劇》（已絕版）
Misfits書系
- 01《流亡日日：一段成為西藏人的旅程》
- 02《靜寂工人：碼頭的日與夜》
- 03《無家者：從未想過我有這麼一天》 《無家者》有聲書版
- 04《房思琪的初戀樂園》
- 05《歧視：統合與排他的日本近現代史》（已絕版）
- 06《人行道》
- 07《邊緣的自由人：一個歷史學者的抉擇》
- 08 《屋簷下的交會：當社區關懷訪視員走進精神失序者的家》
- 09 《認錯：性侵受害人與被冤者的告白》
- 10《沒有名字的人：平埔原住民族青年生命故事紀實》
- 11《觀光人類學：旅行對在地文化的深遠影響》
- 12《我們的搖滾樂》
- 13《軌道：福知山線出軌事故，改變JR西日本的奮鬥》
- 14《台語片的魔力：從故事、明星、導演到類型與行銷的電影關鍵詞》
- 15《萬能店員：我的便利、你的過勞，超商的社會代價》
- 16《魚與黑道：追蹤暴力團的大金脈「盜漁經濟」》
- 17《失去青春的孩子：美髮建教生的圓夢與碎夢》
- 18《我的黑手父親：港都拖車師傅的工作與生命》
- 19《離人散事》
- 20《菁英媽媽想上班美國頂尖名校女性重返職場的特權與矛盾》
- 21《紅線：我的性紀錄》
- 22《茶室女人心：萬華紅燈區的故事》
內容力書系（POC）
- 00《青雲之軸》、《憤怒的菩薩》、《半路上》──陳舜臣大時代三部曲專題
- 01《青雲之軸》（已絕版）
- 02《憤怒的菩薩》（已絕版）
- 03《半路上》（已絕版）
- 04《漂流日本：失去故鄉的臺灣人》
- 05《流轉的亞洲細語：當代日本列島作家如何書寫台灣、中國大陸》
- 06《牡丹社事件 靈魂的去向：臺灣與日本雙方為和解做出的努力》
Interface書系
Ponder書系
- 01《「科學的思考」九堂課：學校不教的科學》（已絕版）
- 02《食．農：給下一代的風土備忘錄》
- 03《論文教室：從課堂報告到畢業論文》
- 04《親愛的人生：關於醫療、老年及照護的思辨》
- 05《處方箋：一位醫者的思索筆記》
- 06《準點發車：日本鐵路為什麼是世界上最準確的？》
- 07《生兒為人是何苦：出生在世的傷害》
Window書系
游擊文化／公共冊所 